Les milieux continentaux du bassin sont très diversifiés (lacs, eaux souterraines, étangs, marais...) et riches de nombreuses espèces de poissons (poissons migrateurs, espèces menacées...)
La présentation des zones humides et leur politique de gestion font le lien avec le premier inventaire du bassin (tourbières, marais, étangs, plaines alluviales).
Cette rubrique est consacrée aux espèces de poissons d'eau douce les plus recherchées, les plus menacées et aux poissons migrateurs. Vous trouverez également la liste complète des espèces du bassin.
La politique de gestion, l'état de la pollution et les atlas des eaux souterraines du bassin sont repris (documents SDAGE).
La pêche en eau douce est décrite (types de pêches : à la ligne et aux engins, descriptif de l'organisation et de la réglementation).
L'état des statistiques de pêche de 1988 à 2001 réalisées à partir des déclarations volontaires des pêcheurs professionnels et amateurs aux engins (filets, nasses, ...), permettent d'observer les évolutions des populations dans les principaux fleuves et rivières du bassin.
Une présentation générales des lacs (naissance, fonctionnement, statistiques...) introduit les fiches signalétiques des lacs du bassin (Franche-Comté, Rhône Alpes).